学術論文などは数式や図が多いため,LaTeX を使うのに向いています.このため,学会等(例えば情報処理学会や電子情報通信学会)では論文を LaTeX 形式で受け付けるのが一般的になっています.
レイアウトはあらかじめ提供されているクラスファイルで適当に調節してくれるので,文章を各段階ではレイアウトは気にしません。 慣れないうちに自分ですべてレイアウトを制御しようとすると,かえって汚い文書ができあがります。
慣れてきたら自分でクラスファイルをカスタマイズしたり,細かいレイアウト調整ができるようになります。